Etapa 0008 Kompenzační opatření řeší kompenzaci dopadu do odtokových poměrů v aktivní zóně záplavového území v Trojské kotlině, k němuž došlo umístěním uzavřeného kontejnmentu Nové vodní linky ÚČOV do průtočného profilu při povodňových stavech vyšších než Q5.
Souběžně s výstavbou Nové vodní linky byla provedena provizorní opatření na plavebních komorách Podbaba. Hlavní částí Kompenzačních opatření je Uzávěr plavebního kanálu Troja. Při převádění vyšších povodňových průtoků Trojskou kotlinou bude plavební komory plně otevřeny a velice pravděpodobně dojde po opadnutí velkých vod k jejich zanesení sedimenty. Uzávěr situovaný v horní části plavebního kanálu Troja umožní po opadnutí povodňových průtoků přerušení průtoku v kanále (jeho odvádění pouze korytem Vltavy), vyčištění plavebních komor a obnovení jejich normálního provozu.
Pro stavbu Uzávěru plavebního kanálu byla zpracovaná kompletní projektová dokumentace, získáno platné stavební povolení a vybrán Zhotovitel stavby. Stavba s investičními náklady 163 mil. Kč bez DPH s předpokládanou dobou realizace 22 měsíců byla zahájena dne 1. 12. 2023.